A vár építésének szakaszai és a várháborúk
Az új vár építését 1465-ben Várdai István érsek kezdte el. 1465-75 között felépült a vár magja: a romjaiban ma is álló déli épületszárny, két sarkában egy-egy négyzet alaprajzú toronnyal, északi oldalon a két körbástya, s az ezeket összekötő épületrészek. István 1470-ben bekövetkezett halála után az építkezés lelassult, a család várdai és dögei ága egymással pereskedett a vár fenntartása miatt.
A vár újabb építési szakasza az 1510-es években kezdődött. Ekkor készült el a várat szorosan körülövező, három méter széles palánkfal, melynek kettős cölöpsorát döngölt földdel töltötték, erősítették meg. Ezt a külső várat négy sarokbástya tette védhetőbbé. Ez a második védelmi vonal kb. 60x80 méteres területet vett körül. 1521-ben Várdai Ferenc erdélyi püspök arra utasította János nevű öccsét, hogy a vár építését fából fejezze be.
A Habsburg-párti Várdaiak kezén lévő várat János Zsigmond vezére, a későbbi lengyel király, Báthori István 1558-ban ostrommal akarta elfoglalni, akciója azonban eredménytelen maradt. 1558-59 fordulóján Balassa Menyhért vezetésével támadták a várat, de Telekessy ismét felmentette. 1563-ban Várdai Mihály fia, István lett a vár kapitánya, akinek Miklós nevű fivére 1564-ben sikeresen védekezett János Zsigmond újabb ostroma ellen. A vár lakóépületeit 1565-1570 között bővítették. Az ostromok után hatbástyás erődítést készítettek 1580-1585 között Ottavio Baldigara olasz hadmérnök vezetésével, Nico Angielini tervei szerint.
A Várdai család férfiágának kihaltával (1584. április 4.) az erősség özv. Várdai Mohályné Dobó Krisztinának és a leányági örökösöknek jutott. Krisztinát 1584. december 25-én elveszi Balassi Bálint, aki maga is tartózkodik Kisvárdán. Utoljára 1586. november 15-én járt a városban, itt találkozott Istvánffy Miklós nádori helytartóval, aki a király parancsát, vagyis a vár átadásának utasítását közvetítette az érintetteknek. A házaspár megbizottjával egy latinul írt választ nyújtott át és szóban is ellentmondott a parancsnak. Balassi és a neje hamarosan válni akar, a pár válását a világi bíróság 1587 novemberében, az egyházi 1591. szeptember 26-án mondta ki.
A későbbiekben a vár és tartozékai a Telegdy, Szokoly, Nyáry és a Melith család birtokába kerültek, mindegyik família csak bizonyos részeket bírt a várban. Az utolsó átalakításokat Nyáry István végezte az 1630-as és az 1640-es években. Tovább bővítették a várat a déli szárny újabb szintjével, és egységes tetőszerkezetet alakítottak ki, illetve a vár nyugati oldalától nem messze egy önálló kápolnát emeltek, melynek a Szentháromság lett a titulusa. A század második felében a Homonnai, a Zichy és az Eszterházy családok birtokolnak részeket.
